蝙蝠和嚙齒動物等疫源野生動物在人畜共患病原體的傳播中扮演著重要角色。某些非洲國家和地區(qū)是野生動物源新發(fā)傳染病發(fā)生的熱點(diǎn)區(qū)域，然而當(dāng)?shù)毓残l(wèi)生基礎(chǔ)設(shè)施相對薄弱，導(dǎo)致這些地區(qū)的傳染病監(jiān)測和防控面臨挑戰(zhàn)。調(diào)查這些地區(qū)的病毒在野生動物種群中的分布、進(jìn)化和傳播方式是預(yù)警預(yù)防未來潛在流行病威脅的關(guān)鍵步驟。

中國科學(xué)院武漢病毒研究所石正麗研究員團(tuán)隊(duì)與深圳華大生命科學(xué)研究院、昆士蘭大學(xué)和肯尼亞國家博物館等單位合作，對在東非國家肯尼亞和烏干達(dá)采集的近1300份蝙蝠和嚙齒動物樣本進(jìn)行了病毒組調(diào)查研究。基于華大智造T系列測序平臺，研究團(tuán)隊(duì)通過宏轉(zhuǎn)錄組測序揭示了這些野生動物中的病毒多樣性，重組和跨地域傳播特征。相關(guān)研究成果于近日在國際期刊Microbiome（《微生物組》）發(fā)表。

本研究使用的動物樣本種類與分布

研究團(tuán)隊(duì)共鑒定出251種蝙蝠或嚙齒動物攜帶的RNA和DNA病毒，其中87%為新病毒，揭示了東非地區(qū)野生動物高度的病毒多樣性和獨(dú)特性。值得關(guān)注的是，在埃及果蝠中發(fā)現(xiàn)了與人類II型副流感病毒和人類軟疣病毒相近緣的病毒，這些發(fā)現(xiàn)不僅對于理解這些病毒的起源有重要意義，也為研究它們的傳播機(jī)制提供了關(guān)鍵線索。

東非蝙蝠和嚙齒動物病毒多樣性

此外，該研究顯示冠狀病毒和圓環(huán)病毒在與細(xì)胞入侵相關(guān)的蛋白上有著高度的多樣性和頻繁的重組。進(jìn)一步分析揭示了病毒群落中頻繁發(fā)生重復(fù)突變、不同病毒型別的共感染以及地域間的病毒流動，這些因素共同促進(jìn)了多樣化的自然病毒群落，為理解病毒如何在不同生態(tài)系統(tǒng)中傳播提供了重要信息。

東非哺乳動物病毒與動物宿主間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系

該研究成果為揭示東非地區(qū)蝙蝠、嚙齒類等重點(diǎn)疫源野生動物宿主的病毒譜提供了全面的基因組和生態(tài)數(shù)據(jù)資源，也為全球病毒多樣性研究領(lǐng)域提供了新的數(shù)據(jù)和視角。

該研究受到國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃，廣東省高通量基因組測序與合成編輯應(yīng)用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目，國家科技重大專項(xiàng)、中國科學(xué)院中-非聯(lián)合研究中心項(xiàng)目以及中國科學(xué)院國際伙伴計(jì)劃項(xiàng)目的經(jīng)費(fèi)支持。華大生命科學(xué)研究院王達(dá)希副研究員、中國科學(xué)院昆明動物研究所楊興婁研究員、華大生命科學(xué)研究院任梓睿、中國科學(xué)院武漢病毒研究所胡犇青年研究員，華大生命科學(xué)研究院趙海龍博士為本文共同第一作者。中國科學(xué)院武漢病毒研究所石正麗研究員，華大生命科學(xué)研究院李俊樺研究員，昆士蘭大學(xué)Sheila Ommeh教授，肯尼亞國家博物館Bernard Agwanda研究員以及華大生命科學(xué)研究院肖敏鳳副研究員為本文共同通訊作者。