科研進展
賴氨酸乙?;揎検侵匾牡鞍踪|(zhì)翻譯后修飾之一,通常指的是乙?;鶊F從乙酰輔酶A(Acetyl-COA)轉(zhuǎn)移到蛋白質(zhì)特定的賴氨酸 -氨基上,形成乙酰化的賴氨酸。賴氨酸乙?;ǔJ艿劫嚢彼嵋阴^D(zhuǎn)移酶和去乙酰化酶的調(diào)控,從而改變蛋白的結(jié)構(gòu)與功能,對細胞代謝、轉(zhuǎn)錄活性、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、信號通路等眾多重要的生理功能進行精細的調(diào)節(jié)與控制。中國科學院水生生物研究所葛峰研究員和趙進東院士團隊前期發(fā)現(xiàn)藍細菌中很多蛋白都會發(fā)生乙?;揎棧渲泄夂舷到y(tǒng)II蛋白PsbO的乙?;揎椏梢载撜{(diào)控光合放氧(Molecular & Cellular Proteomics, 2017, 16(7):1297-1311);藍細菌中的乙?;揎検艿饺ヒ阴;?span style="line-height: 150%">CddA的調(diào)控,該酶能夠通過去除底物蛋白的乙?;揎梾⑴c藍細菌的光合作用過程(Plant Physiology, 2020, 184(2):762-776)。由于賴氨酸乙?;揎検强赡娴?,那么,藍細菌中是否存在乙酰轉(zhuǎn)移酶?
為回答這一重要科學問題,該團隊對模式藍細菌Synechococcus sp. PCC 7002中16個預測的乙酰轉(zhuǎn)移酶進行系統(tǒng)篩選,通過體內(nèi)和體外實驗首次鑒定到一個乙酰轉(zhuǎn)移酶cGNAT2,該基因敲除后導致藍細菌的光合作用受到顯著影響,提示cGNAT2可能通過調(diào)控底物蛋白乙?;揎梾⑴c藍細菌的光合作用進程。
圖1. 藍細菌賴氨酸乙酰轉(zhuǎn)移酶cGNAT2的功能研究
為了闡明cGNAT2潛在的催化機制,該團隊利用AlphaFold2預測了cGNAT2的結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)該蛋白是一個同源二聚體的結(jié)構(gòu),由7個 折疊和4個 螺旋結(jié)構(gòu)組成,形成一個管狀口袋,能夠與底物蛋白以及Acetyl-COA結(jié)合進而發(fā)揮催化作用;通過分子對接進一步確定了cGNAT2與Acetyl-COA之間的結(jié)合區(qū)域,并結(jié)合位點突變與體外酶活性實驗證實了有8個氨基酸殘基是維持酶活性的關鍵位點(圖2)。
圖2. cGNAT2的結(jié)構(gòu)與催化活性
為了揭示cGNAT2的分子作用機制,通過采用乙?;贵w富集和非標記定量乙酰組學技術,系統(tǒng)鑒定到548個cGNAT2調(diào)控的內(nèi)源性靶標修飾蛋白,這些蛋白廣泛分布于光合作用以及能量代謝通路中,表明cGNAT2調(diào)控的乙?;揎椩诠夂舷到y(tǒng)以及能量代謝等生物學過程中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用(圖3)。
圖3. cGNAT2調(diào)控的內(nèi)源性靶標蛋白鑒定
進一步的功能實驗發(fā)現(xiàn),在光合作用通路中NdhJ(NDH脫氫酶亞基J)是cGNAT2的靶標底物,cGNAT2能夠在體內(nèi)和體外催化NdhJ的第89位乙?;揎?,進而調(diào)控NdhJ的酶活性,并影響光合電子傳遞(圖4)。
圖4. cGNAT2調(diào)控NdhJ蛋白的乙?;揎椷M而影響光合作用過程
該研究首次在藍細菌中發(fā)現(xiàn)了賴氨酸乙酰轉(zhuǎn)移酶cGNAT2,并闡明了cGNAT2在藍細菌中通過調(diào)控底物蛋白的乙?;揎椷M而實現(xiàn)其功能的分子機制(圖5),對理解蛋白翻譯后修飾在光合作用過程中的調(diào)控機理具有重要意義。
圖5. cGNAT2在藍細菌中調(diào)控生長和光合作用的分子機制模型
該研究成果“Deciphering structure, function, and mechanism of lysine acetyltransferase cGNAT2 in cyanobacteria”在線發(fā)表于Plant Physiology雜志,博士生賈坤、高級實驗師楊明坤博士為該論文的并列第一作者,葛峰研究員、趙進東院士為共同通訊作者,該研究得到自然科學基金和國家重點研發(fā)計劃的資助。文章鏈接:https://doi.org/10.1093/plphys/kiad509